Structural correspondence

DNMT3B and HDGF core comparison

Model A · Blue · Moving

DNMT3B PWWP1

5NRR:A:UP:Q9UBC3:PWWP1 · 59 observed crop residues

Model B · Orange · Fixed

HDGF PWWP1

1RI0:A:UP:P51858:PWWP1 · 58 observed crop residues

Kabsch RMSD1.96888 ÅLeast-squares fit shown below

Aligned Cα atoms55Recorded residue correspondence

TM score · Model A0.69271Normalized by A's 59-residue crop

TM score · Model B0.70128Normalized by B's 58-residue crop

Loading your comparison

Reading the local coordinate models and recorded Kabsch transformation…

Drag to rotate · scroll or pinch to zoom. Keyboard: focus the view, then use arrow keys to rotate, + / − to zoom, and Home to reset.

Blue: moving model A. Orange: fixed model B. Canonical UniProt numbering is retained.

Loading locally packaged core models…

How to read this comparison

Download comparison JSON

Only annotation-core Cα atoms are shown. Thin guides connect consecutive canonical positions separated by at most 4.5 Å; they show the fold and are not all-atom covalent bonds. Sequence gaps remain visible.

The blue model uses the recorded Kabsch least-squares fit on US-align residue correspondence. The viewer does not use the separate TM-optimized US-align transformation.

Conservative display criterion (both TM scores ≥0.5 and both aligned fractions ≥0.8): 1. This criterion is a descriptive filter for short cores, not proof of equivalent pockets.

Fit statistics and normalization

US-align reported RMSD: 1.97 Å
Recomputed Kabsch RMSD: 1.96888 Å · transformation displayed above
RMSD under US-align TM transform: 2.01859 Å · separate, undisplayed transformation
Aligned fraction of Model A: 0.932203
Aligned fraction of Model B: 0.948276
Aligned sequence identity: 0.255

The two TM scores each use the corresponding observed crop length as their denominator. The JSON download includes both coordinate models, the applied transformation and all residue correspondences.

Inspect the alignment

Residue correspondence

55 aligned pairs

Canonical UniProt positions in each native domain. The US-align marker describes alignment closeness, not chemical equivalence.

Show all 55 residue correspondences

DNMT3B position	Residue	HDGF position	Residue	Alignment marker
225	I	12	C	:
226	G	13	G	:
227	D	14	D	:
228	L	15	L	:
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230	W	17	F	:
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232	K	19	K	:
233	I	20	M	:
234	K	21	K	:
235	G	22	G	:
236	F	23	Y	:
237	S	24	P	:
238	W	25	H	:
239	W	26	W	:
240	P	27	P	:
241	A	28	A	:
242	M	29	R	:
243	V	30	I	:
244	V	31	D	:
245	S	32	E	:
246	W	33	M	:
247	K	34	P	:
250	S	37	A	:
251	K	38	V	:
252	R	39	K	:
253	Q	40	S	:
254	A	41	T	:
255	M	42	A	:
256	S	43	N	:
258	M	44	K	:
259	R	45	Y	:
260	W	46	Q	:
261	V	47	V	:
262	Q	48	F	:
263	W	49	F	:
264	F	50	F	:
265	G	51	G	:
266	D	52	T	:
267	G	53	H	:
268	K	54	E	:
269	F	55	T	:
270	S	56	A	:
271	E	57	F	:
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276	K	62	D	:
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278	V	64	F	:
279	A	65	P	:
281	G	66	Y	:
282	L	67	E	:
283	F	69	S	.

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279	A	65	P	:
281	G	66	Y	:
282	L	67	E	:
283	F	69	S	.

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DNMT3B position	Residue	HDGF position	Residue	Alignment marker
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